No ensino fundamental faz parte da prática montessoriana a realização de comandos ou fichas. Essas atividades são individuais onde o ritmo e desenvolvimento de cada criança é respeitado, a motivação é intrínseca, ou seja a vontade de realizar tais atividades sobre assuntos diversificados deve partir dos interesses dos pequenos. Para cada disciplina são disponibilizados vários comandos de acordo com os conteúdos estudados e as crianças realizam de acordo com seu ritmo, a professora nesse contexto tem o papel de instigar os pequenos, sanando possíveis dúvidas e observando quem necessita da ajuda, pois não é necessário interromper o trabalho de cada um.
Alguns comandos são realizados com o auxílio de materiais, textos ou até mesmo jogos intuitivos, pois um aspecto fundamental do método são os materiais concretos por isso até mesmo nos comandos eles estão presentes e com o amadurecimento e desenvolvimentos das crianças aos poucos vão passando para a abstração. É uma atividade que necessita de concentração e também o silêncio acontece de forma harmoniosa.
